vermicon News

Wenn heute über das Mikrobiom gesprochen wird, fällt fast automatisch ein Begriff: Sequenzierung. Listen aus Hunderten von Taxa, relative Häufigkeiten mit zwei Stellen hinter dem Komma. Auf den ersten Blick mag das beeindruckend wirken. Aber es stellt sich eine einfache Frage: Verstehen wir damit wirklich, was im Mikrobiom passiert?

Was fehlt?

Die nüchterne Antwort lautet: nur teilweise. Sequenzierung liefert uns ein Verzeichnis von Namen. Sie sagt uns aber nicht, wo diese Mikroorganismen im System sitzen, mit wem sie zusammen auftreten, ob sie aktiv sind, ob sie in Biofilmen organisiert sind oder isoliert vorkommen. Angegebene Häufigkeiten vermitteln eine trügerische Genauigkeit, obwohl bekannt ist, dass diese Detailtiefe durch Sequenzierung nicht erreicht werden kann.

Vor allem fehlt eines: das Bild. 

Das Telefonbuch

Für die Mikrobiomforschung und die Entwicklung von Probiotika und lebenden Biotherapeutika ist das ein Problem. Denn entscheidend ist nicht nur, wer da ist, sondern wie diese Mikroorganismen im Verbund organisiert sind. Ob ein Stamm sich nur als DNA-Signal in der Probe versteckt oder als lebende Population vorliegt, macht einen fundamentalen Unterschied. Sequenzierung stellt auch DNA aus toten Zellen und aus frei zirkulierenden Fragmenten dar. Doch die tatsächliche mikrobielle Realität bleibt unsichtbar.

Ausschließlich auf Sequenzierung zu setzen, bedeutet, das Mikrobiom wie eine Stadt nur anhand des Telefonbuchs zu analysieren. Man kennt Namen und Adressen, aber nicht, wer sich wo trifft oder welche Viertel lebendig sind. Erst die Visualisierung zeigt, welche Mikroorganismen tatsächlich die Schlüsselfunktionen übernehmen und wo sich Problemzonen bilden.
 

Das Mikrobiom wirklich verstehen

Genau hier beginnt die Notwendigkeit der Visualisierung. Wer das Mikrobiom verstehen will, muss Mikroorganismen direkt in ihrem Lebensraum sehen. Morphologie, Lokalisation, Assoziationen mit anderen Populationen, Einbettung in die Matrix, Dichte und Verteilung, all das erschließt sich erst in der Visualisierung. Erst wenn Bakterien, Hefen und Archaeen im wahren Wortsinn sichtbar werden, lassen sich Hypothesen aus der Sequenzierung überprüfen oder auch widerlegen.

Mit der VIT® Gensondentechnologie, der industrialisierten Weiterentwicklung der FISH Methode, der Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung, kann genau das geleistet werden. Spezifische, fluoreszenzmarkierte Gensonden binden an die ribosomale RNA lebender Zielorganismen in der Probe. Diese Zellen beginnen unter dem Mikroskop zu leuchten. Damit erkennt man sofort, welche Mikroorganismen tatsächlich leben, wie viele es sind und wo sie sich befinden. Ohne Kultivierung, ohne langwierige Umwege.

 

Die direkte Mikrobiologie

Bei vermicon haben wir diese direkte Mikrobiologie seit fast drei Jahrzehnten konsequent aufgebaut. Unsere VIT® Gensondentechnologie und die darauf basierenden Dienstleistungen ermöglichen die spezifische Visualisierung und Quantifizierung definierter Bakteriengruppen und Arten direkt in komplexen Proben. Für Mikrobiomprojekte, Probiotika und lebende Biotherapeutika bedeutet das: Wir bringen räumliche Struktur, Lebendigkeit und absolute Zellzahlen in ein Feld, das sonst von relativen Häufigkeiten und statistischen Schätzungen dominiert wird.

Ein Präparat, das sich in der Sequenzierung stabil präsentiert, kann sich unter dem Mikroskop als Cluster weniger überlebender Zellen in einem Meer aus Fremdflora entpuppen. Umgekehrt zeigt die Visualisierung manchmal robuste, dichte Populationen eines gewünschten Stammes, während die reine Sequenzanalyse deren Bedeutung unterschätzt. Wer Qualität wirklich kontrollieren will, braucht beides: die genetische Information und das direkte Bild des Systems.

Von Sequenzdaten zur mikrobiellen Landschaft

Die Visualisierung von Mikroorganismen im Mikrobiom ist daher kein Luxus, sondern eine Voraussetzung für belastbare Ergebnisse. 

Wenn Sie wissen wollen, wie Ihr Mikrobiom, Ihre Probiotika oder Ihre lebenden Biotherapeutika in der Realität aussehen, unterstützen wir Sie bei vermicon mit VIT® basierter Visualisierung, spezifischer Quantifizierung und fundierter Beratung. Damit Sie nicht nur Namen und Sequenzen sehen, sondern die tatsächliche mikrobielle Landschaft, mit der Sie arbeiten.